アケコン（RAPなどのアーケードスティック）を使うかパッド（PS4純正コントローラーなど）を使うかは格ゲーを始めるにあたって皆悩むのではないかと思います。
特にスト5はアーケード版が無いのでパッドだけしか使えなくて困ることも無いですしね。
（追記：アーケード版が出るようですが筐体にパッドが接続できるようです。）
ウル4の頃は辻式とかいうずらし押しによるコマンド猶予延長テクが使われていたりしてアケコンの重要度が高かったですが、今作はそういったアケコンじゃないと難しいテクニックというのは少ないように思えます。
実際海外のプロゲーマーなどパッドで大会優勝している人も多いのでどちらかに限界があるということはないと思います。
自分はRAPと純正パッドある程度両方使ってきたので、それぞれについて自分なりにメリット・デメリットをまとめたいと思います。
（追記：純正パッド以外のパッド選択肢としてHORI ファイティングコマンダーのレビューを書きました。R2がトリガーじゃなかったり右側にPPP/KKKを設定できるので純正パッドのデメリットを多少緩和できます。）
アケコン（アーケードスティック）
メリット
- ボタンホールドが自由。（バイソンなどで重要）
- ボタン同時押しがどの組み合わせでもしやすい。
- （アーケード版が出た後）ゲーセンに何も持っていかなくていいし他の格ゲーもできる。
デメリット
- 真空波動拳コマンド（236236）が忙しく、ジュリの弱天穿輪>CAのような逆向きのキャンセルCAは更に難しい。
- 22コマンドが疲れる。（是空の宿命など）
- 腕全体で動かす必要があるので疲れる。
- 持ち運びに不便。
- 使う姿勢が少し変わるだけで感覚がズレやすい。
パッド
メリット
- コマンド入力が早い。（スティックより動かす面積が小さいので）
- アケコンのように配置・姿勢に悩まない。
- 持ち運びしやすい。
- PS4買えばついてくる。
デメリット
- ボタンホールドしながら他のボタンを押すのはかなり難しい。（バイソンなど）
- 弱中同時押しを結構ミスる。（いぶきのEX苦無など）
- ザンギエフなどの1回転コマンドが若干難しい。（スティックのように回す感覚がないので）
- 3ボタン同時押しがしにくい。
- L1とL2をPPPとKKKに設定しているがそれでも豪鬼の阿修羅（623L2）などは入力しづらい
- 素早いずらし押しがしにくい。（起き攻めの仕込みなど）
- R2が深いので（特に他のボタンと同時に）連打しにくい。
- 方向キーが小さいので323などを綺麗に入力したいとき若干レバーよりわかりづらい。
まとめ
一番問題なのはバイソンやバーディーやファルケやメナトなどのボタンホールド要素があるキャラで、パッドだと明らかにホールドの指に不自由があると思います。
逆にそれ以外のパッドのデメリットで上げた部分はほぼ慣れでカバーできるレベルです。1回転・２回転コマンドなどは簡易入力もありますし。
ちなみにバーディー（ホールドのあるキャラ）使いのMenaRD選手がパッドでカプコンカップ2017を優勝していますが、MenaRD選手のパッド捌きはこんな動きをしています）
しかしアケコンだと明らかに難しくなるキャラというのは思い当たらないので、どのキャラも使える万能性を求めるならアケコン、アケコンだと難しいキャラを使わない＆手軽さを重視するならパッドという感じでしょうか。
また他の格ゲーだとスト5のようにパッドでできることを重視して作られていない場合もありますしゲーセンでプレイするのにもアケコン慣れが必要なので、今後継続的に格ゲーをやっていきたい場合はアケコンを選んだほうが無難かもしれません。
ちなみに日本の格ゲー上級者はゲーセンに通ってた人（＝アケコンで育った人）が多いのでアケコン信仰が強いですが、そういう人のパッド否定は本人の慣れの問題なのであまり真に受けず自分で判断したほうが良いと思います。
「パッドだと昇龍が出しにくい」とか「パッドで溜めキャラは疲れる」とかの発言は自分は信じていません。どっちに先に慣れたかの問題だと思っています。
前述しましたが海外のトッププロだとProblemX選手、MenaRD選手、Punk選手ほか挙げきれないほど多数パッドで好成績を残しているプレイヤーはいますので、パッドが明らかに劣っているということはないのです。